Υπάρχουν 2 κοινότητες , η παραλία Μιλάτου , και το χωριό στο βουνό , το οποίο κτίστηκε στο ίδιο μέρος που βρισκόταν η ομώνυμη μινωϊκή πόλη η οποία βρισκόταν εκεί μέχρι τον 3ο αιώνα π.χ. όταν καταστράφηκε από την αντίπαλο πόλη Λυτώ . Σύμφωνα με τη μυθολογία το χωριό ονομάστηκε έτσι για χάρη ενός αγοριού που ονομάζονταν Μίλατος το οποίο σκότωσε τον τοπικό τύρρανο και απελευθέρωσε τους ντόπιους από την τυρρανία. Ο μύθος αναφέρει οτι ο Μίλατος ήταν επίσης ο ιδρυτής μια κρητικής αποικίας που ονομάζεται Μίλιτος στα παράλια της Μικράς Ασίας . Πριν μερικά χρόνια έγινε αδελφοποίηση των δύο αυτών κοινοτήτων. Αξίνει να επισκεφθήτε κοντά στο χωριό το ομώνυμο σπήλαιο με τους φανταστικούς σταλακτίτες και σταλαγμίτες . Δίπλα από τη σπηλιά θα δείτε τη εκλησία του Αγίου Θωμά , η οποία κτίστηκε στη μνήμη 3600 Κρητικών οι οποίοι σκοτώθηκαν το 1823 από τον βάρβαρο Τούρκο Χασάν .